제약회사가 사후 마진 정리를 위해 도매에 발행하는 마이너스 세금계산서가 골칫거리로 떠올랐다.

3일 관련업계에 따르면 제약회사들이 사후마진을 과거에는 제품할증 또는 잔고할인(매출할인)방식으로 정리했으나 '매출할인을 과세표준에서 제외한다’는 바뀐 부가세법에 의해 마이너스 세금계산서를 발행하고 있다.

문제는 이 같은 마이너스 세금계산서때문에 도매가 일정부분 손해를 보고 있는 것.

예를들어, 100만원에 대한 사후마진을 정리할 경우 부가세를 포함해 110만원을 발행하는 경우(-100만원 + VAT(-10만원)= -110만원)가 있는 반면 부가세를 100만원에 포함시킨(-90만9100원 +VAT(-9만900원)=-100만원) 세금계산서가 있어 도매측에서는 사실상 마진축소라는 주장이다.

또한 마이너스 세금계산서 발행은 매입금액 감소로 이어져 도매상이 과표가 부족해지기도 한다.

도매업체 한 관계자는 "매출액에 비해 매입액이 줄기 때문에 과표가 부족해지고, 이를 해결하기 위해 일반약을 대량 사들이게 된다"면서 "또 매입한 일반약을 판매하기 위해서 거래처 약국에 가격을 할인해주게 되기 때문에 시장에서 가격형성이 되지 않는 등 악순환이 되풀이 되는 것"이라고 설명했다.

그러나 제약회사 역시 마이너스 세금계산서가 달가운 것만은 아니라는 반응이다.

과거에는 매출할인이 수금 실적에 포함됐으나 마이너스 세금계산서 발행으로 매출 실적이 감소하게 됐기 때문.

제약회사 도매 영업 담당자는 "부가세법이 바뀌면서 도매에 제공하는 사후마진을 마이너스 세금계산서로 발행하고 있는데, 이것 때문에 힘들게 영업해서 제품을 판매한 실적이 줄어들어 손해를 보고 있다"고 토로했다.

또 다른 제약사 영업사원은 "마이너스 세금계산서 발행은 회사 차원에서도 고민하는 부분"이라며 "회전일 기준에 따라 사후마진을 정리하면서 발행하는 마이너스 세금계산서로 회사 매출에 변화가 생기기 때문에 향 후 약가인하로도 이어질 수 있기 때문"이라고 말했다.

이 같은 이유로 도매는 사후마진을 사전마진에 적용해 줄 것을 요구하고 있지만 제약회사 입장에서는 결제 지연 등의 위험부담 때문에 쉽게 결정을 내리지 못하고 있는 상태다.

이에 대해 제약사 영업부 한 간부는 "이는 제약과 도매간의 신뢰를 바탕으로 결정해야 할 문제"라고 강조했다.