연 매출 20억원을 넘는 대형 문전약국과 연 매출 5억원을 넘는 의원들의 세금 부담이 대폭 늘어날 전망이다.

기획재정부는 18일 약국이 포함된 농림어업, 광업, 도·소매업 등의 성실신고확인 대상 기준 수익금액을 연 매출 30억원에서 20억원을 낮추는 것을 골자로 한 소득세법 시행령 개정안을 입법예고했다.

의원이 포함된 전문직 사업자는 기존 7억5000만원에서 5억원으로 2억5000만원 낮아진다.

적용 시기는 내년 1월1일 이후 거래분부터다.

이렇게 되면 약값 비중이 높은 대형병원 문전약국 상당수가 성실신고확인 의무 사업자에 포함될 가능성이 높아졌다.

심평원 청구 데이터로 추산해 보면 약국 청구액 상위 10% 약국(2074곳)의 연 평균 청구액은 25억 수준이다.

여기에 일반약과 비급여 매출 등을 합산하면 약국 1500여 곳 정도가 성실신고확인 대상이 될 것으로 추정된다.

성실신고확인제가 적용되면 먼저 비보험 조제 매출과 매약 매출 신고가 문제가 될 수 있지만 건강보험공단에 청구하는 보험 조제매출이 거의 대부분이기 때문에 비용부분에서 문제가 발생할 가능성이 크다.


특히 약국들은 4대 보험료 부담 때문에 인건비 신고를 축소하거나 누락하는 경우가 많아 성실신고확인제가 적용에 따라 실제 인건비를 신고하게 되면 4대보험 부담액과 근로소득세 부담이 증가하게 된다.

또한 배우자, 부모, 자녀 등의 특수 관계자 인건비 신고도 엄격하게 적용되며 약국에서 업무 무관비용 여부도 체크해야 하는 등 세무업무가 복잡해진다.

여기에 사업용 계좌 관리 과정에서 매출과 비용 부분에 대한 근거를 남겨야 한다.

성실신고확인제가 적용되면 업무와 관련한 적격 증빙이 있는 실제 비용만 계상하는 것으로 가정할 때 약국은 비용이 많이 부족해 진다.

즉 지금까지 부담해왔던 소득세 납부세액이 작게는 수 백만원에서 크게는 수 천만원까지 증가할 수 있다.