바이오베터 임상시험 기술이 세액공제 대상에 포함되는 한편, 첨단 제조시설 투자에 대해서도 세제혜택이 이뤄질 전망이다.

이와함께 업무용 자동차 운행기록부 미작성시 비용 인정금액이 상향 조정되고 제로페이 사용액 공제율이 40%까지 확대되는 등 내년부터 크고 작은 세금 관련 법령이 개정된다.

25일 기획재정부가 발표한 내년도 세법 개정안 자료에 따르면 제약사가 의약품 제조 첨단설비에 투자하면 세액공제를 받을 수 있다. 생산성 향상·안전시설 투자세액공제 적용대상을 확대하고 적용기한도 2021년 12월까지로 연장된다. 2020년 1월 이후 투자하는 금액부터 적용된다.

아울러 바이오베터 임상시험 기술도 신성장동력-원천기술 R&D 비용 세액공제 대상에 포함됐다.

시스템 반도체, 바이오‧헬스 등 혁신성장 분야의 R&D 활동에 대한 지원 확대 차원이다. 2020년 1월 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용된다.

첨단의료복합단지 입주기업에 대한 세액 감면 적용기한이 2년더 연장된다. 첨단의료복합단지(대구, 오송) 내 입주기업이 대상으로 소득세, 법인세를 3년간 100%, 2년간 50% 감면해주는 내용을 골자로 한다.

약국분야를 살펴보면 2020년 과세분부터 업무용 자동차 운행기록부 미작성시 비용인정 금액이 기존 1000만원에서 1500만원으로 상향 조정된다.

즉 비용인정 금액이 1000만원일 경우 감가상각비 800만원, 자동차세나 보험료를 제외하고 나면 사실상 유류비는 경비처리가 불가능했다.

그러나 1500만원으로 상향되면 실제 사용한 유류비는 일정부분 경비처리가 가능해진다.

팜택스 임현수 회계사는 "약국의 경우 업무용 승용차를 약국 업무에 많이 사용하지 않아 사실상 큰 효과가 있다고 볼 수는 없지만 약국 출퇴근 거리가 멀면 차량운행일지를 작성하지 않을 경우 유류비를 거의 인정받을 수 없었는데 비용인정 금액 상향으로 인정될 수 있는 범위가 확대됐다"고 밝혔다.

기획재정부도 "현재 운행기록부 작성없이 인정가능한 손금한도은 1000만원인데 감가상각비(한도 800만원)를 제외하면 공제를 받을 수 있는 유류비‧보험료‧수선비 등 차량유지비의 한도가 적어 기업의 어려움이 존재했다"고 말했다.

예를들어 4000만원 짜리 차량의 경우 감가상각비(연간 800만원)를 제외하면 연간 200만원(1000만원-800만원)만 공제가 가능했기 때문이다.

이에 기재부는 "비용인정이 가능한 차량유지비를 현실화하고, 기업의 운행기록부 작성 부담을 줄여주기 위해 운행기록부 작성 기준이 되는 금액을 1000만원에서 1500만원으로 상향 조정하는 것"이라고 설명했다.

기재부는 업무용 승용차 사적이용 방지와 관련해 국세청과 협의해, 제도개선 및 관리 감독방안 등을 올해중 마련할 계획이다.

아울러 약국에서 수수료 없이 결제 할 수 있는 제로페이 사용금액 세금 공제율이 40%까지 확대된다. 이렇게 되면 고객들의 제로페이 사용이 늘어날 가능성이 높다. 제로페이 공제율 40% 적용은 2020년 연말 정산분부터 적용된다.

또한 수익사업 소득의 100%까지 고유목적사업 준비금으로 손금산입하는 대상법인, 즉 국립대학병원, 국립암센터, 지방의료원, 시군구지역 의료업을 영위하는 비영리법인의 손금산입 특례 적용기한이 2022년 12월31일까지 연장된다.

사회보험 신규 가입자에 대한 사회보험료 세액공제는 없어진다. 일자리 안정자금의 조기정착 등을 위해 한시적으로 도입한 제도로 정책 목적을 달성했다는 게 폐지 이유다.

현금영수증 가맹점 의무 가입기한이 축소된다. 현재 의무가입대상 해당일로부터 3개월 이내였지만 내년부터 30일로 축소된다. 다만 입금액이 연 2400만원 이상으로 의무가입대상이 된 경우 해당일 다음달부터 3개월 이내다.

의무가입대상 해당일도 해당 업종의 사업개시일, 수입금액 기준은 해당 과세기간 말일로 명확하게 규정했다.