매출 늘었는데 조제료는 감소…올해 종합소득세 이슈는?

• [약담소] 임현수 팜택스 대표
• 약국당 조제료·일반약 매출 3년 연속 하향곡선
• "매출 증가해도 조제료 감소했다면 세 부담 없어"
• 가족 인건비, 임대차 등 소명 요구 사례 증가…입증 자료 구비 관건

[데일리팜=강혜경 기자] 바야흐로 5월 종합소득세 신고의 달이 도래했습니다. 바뀐 세법 개정안과 절세 비법에 대한 약국들의 관심도 뜨거운데요 오늘은 약국 세무·회계 전문 팜택스 임현수 대표님의 도움을 받아 올해 종소세 추이는 어떤지, 최근 세무서에서 주시하고 있는 부분들로는 어떤 게 있는지 보겠습니다.

Q. 회계사님, 올해 약국들의 전반적인 성적표는 어떤가요?

A. 약국의 조제매출은 2023년에 비해 2024년 감소했으나 2025년 다소 회복했습니다.

반면 약국당 조제료와 일반약 매출은 2023년 이후 매년 감소하는 경향을 보이고 있습니다. 약국에서 위고비 같은 고가 비만약 판매나 장기처방이 증가한 데 따른 영향으로 풀이됩니다. 또한 약전반적으로 약국 수가 증가한 영향도 있는 것으로 나타납니다.

최근 3년간 약국당 매출 추이를 표로 요약하면 다음과 같습니다.

AI 생성 이미지.

세금 측면에서는 매출이 증가하더라도 조제료가 감소한 경우 세금이 증가하지 않습니다. 예상컨데, 올해 종소세 신고에서 세액 증가로 부담을 겪는 약국은 많지 않을 거란 얘기죠.

Q. 최근에 특수관계자 세무조사가 이슈라고요. 어떤 경우가 특수관계자 세무조사 대상이 될 수 있는지 유형에 대해 말씀해 주세요.

A. 먼저 가족 인건비입니다. 약국의 인건비 중 가족 인건비에 대해서는 세무서에서 실제 근무했는지를 확인할 수 있는데, 가령 약국과 먼 소재지에 주소를 두고 있는 가족을 인건비 신고하는 경우 소명 요구를 받을 수 있습니다.

가령 동생이 경기 수원에서 약국을 하는데, 언니의 주소지가 경북 포항인 경우 등을 얘기합니다.

약국 주소지가 먼 곳에 주소를 둔 가족의 경우 실제 근무를 입증해야 하는 점이 있을 수 있으므로 미리 대비를 하셔야 합니다. 보안 업체가 제공하는 출퇴근 확인 기능이나 약국 업무와 관련 SNS, 문자 대화 등을 증빙으로 활용할 수 있습니다.

또 임대차 계약에서도 자주 발생합니다. 남편 건물에 부인이 약국을 하거나, 부인 건물에서 남편이 약국을 하는 등의 경우입니다.

이러한 경우에도 반드시 임차료를 주고 받아야 합니다. 이 때 임차료 금액은 '주변 시세를 반영한 금액'이어야 합니다.

만약 남편 건물에 기존 임차인이 약국을 하고 있었다면, 그 정도 수준에서 임차료가 정해져야 한다는 겁니다.

만약 임차료를 지급하지 않거나, 시세 보다 훨씬 낮은 임차료를 지급한 경우에는 부당행위계산부인(不當行爲計算否認)이라는 규정을 적용받아 세무상 큰 불이익을 당할 수 있습니다.

Q. 2026년부터 고용 유지 의무가 완화되고 추진 규정이 삭제되는 등 변화가 있었습니다. 약국 인력 운영시 주의할 점으로는 어떤 게 있나요?

A. 기존에는 고용세액공제를 받기 위해 3년간 인원을 유지해야 하는 규정이 있었는데, 올해부터는 '3년간 고용 인원 유지' 의무가 사라졌습니다.

대신 고용한 사람을 1년 이상 유지하는 경우 유지(고용)하는 동안 년차별로 최대 3년 동안 매년 세액공제를 받을 수 있습니다.

기존에는 고용한 직원이 그만두는 경우 다른 사람을 고용하는 경우에도 세금 공제가 가능했다면, 올해부터는 채용된 당사자가 1년 이상 근무를 해야 합니다.

즉, 기존에는 고용인원(숫자)를 유지하는 것이 중요했던 반면 올해 부터는 채용한 당사자를 유지하는 경우 세금공제를 받을 수 있다는 뜻입니다.

또한 2025년에는 고용을 한 해당년도에 세액공제를 바로 받을 수 있었지만 올해부터는 고용하고 1년이 되는 년도(다음년도)부터 세액공제를 받을 수 있다는 점도 기억해 두면 좋겠습니다.

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