한림·을지·가톨릭대에 임상시험 130억 부가세 추징

• 병협, 국세청·기재부에 시정 요청...병원들 '비상'

최근 국세청이 임상시험 연구비용에 부가세를 추징하면서 병원계에 비상이 걸렸다.

대한병원협회(회장 김윤수)는 7일 한림대, 을지대, 가톨릭대 등 3개 학교법인이 2008년부터 2012년까지 5년 치 임상시험 연구비용에 대해 130억원 상당의 부가세 추징에 나서자, 문제점을 지적하고 국세청과 기획재정부에 시정을 요청했다고 밝혔다.

그동안 임상시험을 하는 기관들은 학술연구용역과 기술개발을 면세대상으로 규정한 부가가치세법 시행령 제42조 및 동법 시행규칙 제32조에 근거, 부가가치세를 신고하지 않았다.

부가가치세법 기본통칙 '12-35-4'에 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질·용도 등을 개선시키는 연구용역은 면세 대상에 해당된다고 규정한 것을 근거로 부가세 면세 대상으로 인식해왔던 것이다.

다만 시판 후 임상시험 용역, 즉 4상 임상시험(PMS)에 대해서 일부 과세신고를 하고 세금을 납부해 왔다.

그러나 최근 국세청이 2013년 하반기 일부 병원에 대한 세무조사 시 면세 대상인 줄 알았던 임상시험 연구비용에 부가세를 추징했다.

이에 대해 병협은 "그동안 국내·외 임상시험 용역 계약의 경우, 거래당사자들은 면세적용으로 부가가치세를 제외하고 계약을 체결했다"며 "국세청이 과세 추징함으로써 해당 수탁기관은 부가가치세를 대납하고 위탁기관으로부터 받아야 하는 실정"이라고 지적했다.

하지만 이미 계약이 종료된 위탁기관으로부터 부가가치세액을 받는다는 것은 사실상 어려운 일로, 이에 따른 분쟁 발생이 우려된다는게 병협의 입장이다.

우리나라 임상시험 건수

현재 우리나라의 임상시험 실시 기관이 164개로 건수는 2004년 136건에서 2012년 670건으로 매년 증가추세다. 임상시험 국가순위는 2012년 10위이며, 전 세계 도시별 순위는 서울이 1위를 차지한다.

전 세계적으로 신약개발 R&D 비용은 2011년 약 150조원에 이르며, 2018년 약 167조원에 이를 것으로 예상하고 있어 신성장동력으로 떠오르고 있다.

병협은 "임상시험 용역에 부가가치세를 부과한다면 우리나라의 임상시험에 대한 가격 경쟁력이 떨어지게 될 것이 우려된다"며 "임상시험에 대한 부가가치세 대상 논의는 신중해야 한다"고 강조했다.