연말 절세 전략만으론 부족…약국 세무조사 리스크 커진다

• [약담소] 이재명 미래세무법인 세무사
• 기획조사 확대 속 리베이트·포인트 수익 추징 사례도
• 국세청, 의약품 유통 데이터로 매출·재고 정밀 대조
• “투명한 신고가 유일한 방어 전략”

[데일리팜=김지은 기자] 연말이 다가오면 약국을 운영하는 약사들은 당장 올해는 어떤 공제를 챙길 수 있는지, 지금이라도 준비하면 절세에 도움이 되는 항목은 무엇인지 궁금해하는 분들이 많을 텐데요.

더불어 최근에는 약국이 기획 조사 대상이 되거나 세무조사를 받는 경우가 늘고 있어 이에 따른 사전 대비도 중요해졌는데요. 

연말을 앞두고 약국이 꼭 점검해야 할 연말정산·종합소득세 대비 포인트, 혹시 모를 세무조사를 사전에 대비하는 방법 등을 미래세무법인 이재명 세무사에게 들어봤습니다.

Q. 연말인 현 시점에서 준비해야 할 소득공제 항목에는 어떤 것들이 있을까요.

A. 가장 먼저 '인적공제'의 재정비가 필요합니다. 부양가족의 소득 요건(연 소득금액 100만 원 이하)을 오인해 중복 공제를 받거나, 수급 자격이 없는 가족을 올릴 경우 추후 가산세 부담이 큽니다. 근무약사의 경우는 ‘중소기업 취업자 소득세 감면’ 대상자가 누락되지 않았는지 확인하시는게 필요합니다. 35세이하의 청년 뿐 아니라,경력단절(결혼,임신등) 근로자에게 최대90% 소득세 감면(한도 200만원)되므로 절세 효과가 크다고 할 수 있습니다.

약국을 운영하시는 약사님들께서는 지금 바로 실행할 수 있는 가장 대표적인 항목은 '노란우산공제'입니다. 소득 수준에 따라 최대 500만 원까지 소득공제가 가능하며, 12월 말까지 가입 및 납입을 완료하면 올해 종합소득을 신고할 때 소득공제가 바로 가능합니다. 

Q. 세액공제 측면에서 약국이 활용할 수 있는 항목도 있을까요.

A. 대표적으로 고용증대 세액공제가 있습니다. 고용증대세액공제(현 통합고용세액공제)는 약국에서 전년 대비 상시근로자 수가 한 명이라도 늘었을 때 적용되는 세액공제입니다. 수도권 약국 기준 청년 1인당 최대 1,450만 원을 소득세에서 직접 차감해주며 중소기업 요건 충족 시 이를 최대 3년간 적용할 수 있습니다. 다만 세액공제를 적용받은 후 2년 이내에 고용 인원이 줄어들면 공제받았던 세금을 다시 반환해야 하는등 사후관리 규정이 엄격하므로 장기적인 인력 계획을 바탕이 전제돼야 합니다. 또한 신규 약국을 개국하시거나, 약국을 인수하는 경우에는 기존 약국의 인력에 따라서 고용을 증대시킨 것으로 보지 않는 경우도 있기 때문에 개국 시기를 조절해야 하는 경우도 있습니다. 

또 다른 세액공제로는 통합투자세액공제이 있습니다. 약국에서 사용하는 사업용 자산(기계장치 등)에 투자했을 때 그 투자 금액의 일정 비율을 소득세에서 공제해주는 제도로, 약국이 해당하는 중소기업의 경우 기본적으로 투자액의 10%를 세금에서 직접 차감받을 수 있습니다. 약국에서 주로 공제 대상이 되는 자산은 자동조제기(ATC), 키오스크, 조제용 컴퓨터 및 주변기기 등이며 오래된 노후 장비를 신규 장비로 교체하는 '대체 투자'의 경우에도 공제가 가능합니다. 다만, 사업장이 수도권 과밀억제권역 내에 위치해 있다면 신규 투자는 공제에서 제외되고 기존 노후 자산을 교체하는 경우에만 혜택을 받을 수 있다는 점을 유의해야 합니다. 그리고 일반적으로 대부분의 약국들이 대상이 되는 중소기업특별세액감면과 중복이 불가함으로 세무대리인과 상의해 유리한 방향으로 선택하셔야 합니다.

다른 세액공제로는 '연금저축 및 퇴직연금(IRP)' 계좌를 활용하는 방법이 있습니다. 두 항목을 합쳐 연간 최대 900만 원까지 세액공제(납입금액의 12%~15%)가 가능합니다, 연금 목적의 금융상품이 조건인 만큼 중도에 해지하게 되면 기타소득세로 과세될 수 있습니다. 연금 계좌에는 당장 쓸 돈이 아닌 최소 55세 이후까지 묶어둘 수 있는 여유 자금 위주로 납입하시는 것이 가장 현명합니다. 

Q. 성실신고확인 대상 약국의 경우 추가로 유의할 부분이 있다면요.

A. 성실신고확인 대상 사업장은 의료비, 교육비 세액공제가 가능합니다. 의료비 세액공제의 경우 본인과 부양가족을 위해 지출한 의료비가 사업소득 금액의 3%를 초과할 때 교육비는 본인이나 부양가족 교육비를 지출할 때 세액공제가 가능합니다. 다만 유의할 점은 약사 본인의 의료비나 교육비를 본인 약국의 '교육훈련비'등으로 항목으로 이미 장부에 반영하는 경우가 있는데, 경비 처리를 했다면 이를 다시 세액공제로 신청하는 것은 이중 공제에 해당해 추징 대상이 된다는 점입니다. 그리고 성실신고 대상자는 성실신고수수료를 최대 120만원까지 세액공제가 가능합니다. 만약 세무조사등으로 소득 누락이 10% 이상 적발될 경우 해당 세액공제액을 모두 반환해야 함은 물론 향후 3년간 공제 적용이 배제되는 불이익이 있는 만큼 최근 3년 내 세무조사를 받은 약국에서는 성실신고 확인비용 세액공제 대상이 되는지 확인해 봐야합니다.

Q. 혹시 내년에 처음 도입되는 세액공제가 있을까요. 

A. '고향사랑기부금 세액공제'의 한도 확대가 2025년부터 시행됩니다. 기존에는 연간 500만 원까지만 기부가 가능했지만 내년부터는 연간 2000만원까지 한도가 늘어납니다. 10만원까지는 전액 공제, 초과분은 15% 공제 혜택과 함께 기부 금액의 30%를 지역 특산물(답례품)로 받을 수 있어 고소득 약사에게는 절세와 답례품을 동시에 챙기는 효율적인 수단이 될 것입니다.

Q. 최근에 약국 대상 세무조사 사례가 증가한 것으로 알고 있는데요. 마지막으로 연말을 앞둔 약사들에게 전하고 싶은 조언이 있다면요.

A. 가장 대표적인 문제는 제약업계 리베이트에 대한 기획 조사입니다. 국세청은 제약사와 중간 도매상를 조사하는 과정에서 약국으로 흘러들어간 현금성 지원이나 물품 협찬 내역을 확보하고 있습니다. 과거에는 제약사가 세금을 더 내는 것으로 마무리되는 경우가 많았지만 최근에는 리베이트를 받은 약사 개인에 '영업 외 수익' 누락에 따른 소득세를 추징하기도 합니다. 

또한 의약품 구매 시 발생하는 카드 포인트 및 마일리지 수익 신고가 매우 중요한 쟁점이 되었습니다. 약국은 고가의 의약품 결제가 많아 포인트 적립 규모가 큰데 국세청은 이를 사실상 현금과 다름없는 수익으로 간주합니다. 카드사로부터 직접 데이터를 확보해 신고 내역과 대조하기 때문에 이를 누락했다 수년치 소득세와 가산세를 한꺼번에 부과받는 사례가 속출하고 있습니다. 따라서 이제는 포인트 수익을 잡수입으로 투명하게 신고하는 것이 약국 세무의 필수 항목이 됐습니다.

재고 관리와 매출의 상관관계에 대한 소명 요구도 까다로워졌습니다. 국세청은 '의약품 관리 종합정보센터'의 데이터와 약국의 신고 매출을 비교 분석합니다. 매입한 약의 양에 비해 조제 매출이나 기말 재고가 턱없이 적다면 그 차액만큼을 무자료 거래나 현금 매출 누락으로 의심해 조사를 착수하는 방식입니다. 따라서 신용카드로 구매한 의약품 등(세금계산서 발행을 하지 않은 경우)을 빠짐없이 신고하는 것이 중요합니다. 특히 비급여 의약품이나 고가의 영양제 비중이 높은 약국일수록 그렇습니다.