대한병원협회(회장 유태전)는 민간병원이 전체의 90% 이상을 차지하며 공익적 목적을 수행하고 있는 현실을 감안, 설립구분에 따른 세제상 차별 시정을 통해 공익성을 보장하는 합리적 세제개선에 힘써줄 것을 한나라당에 건의했다. 조세개혁특별위원회에 올린 ‘병원관련 세제개선 건의’에서 병협은 비영리법인 병원에 대해 설립근거 및 소관부처에 따라 국세와 지방세 분야에 있어 차별이 나타나고 있다며 시정을 요청했다. 이는 고유목적사업준비금의 경우 의료법인에 대해 5년간 수익사업소득의 50%까지 손금산입이 허용되는 반면 사회복지법인, 학교법인, 공공의료법인은 전액 허용되고 있다며 등록부처 및 법인형태에 관계없이 일정수준 이상의 공익성을 충족할 때 전액 인정해주는 방안을 제시했다. 기부금 손금산입도 의료법인은 법인지출 기부금의 5%만 손금으로 인정되는데 반해 국립대 및 사립대 병원은 50%까지 인정되는 차별에 대해 대학병원과 동일한 교육기능을 수행하는 수련병원에 대해서도 동일하게 적용해줄 것을 제안했다. 건의서에서 지방세의 경우 의대부속병원, 사회복지 법인 병원과 72년 이전에 설립된 재단병원에 대해 지방세 비과세 혜택을 주는 불합리를 시정하기 위해 단기적으로 지방세법 시행령을 개정해 모든 비영리법인 병원에 대해 동등한 혜택을 부여해야 한다고 건의했다. 중소기업특별세액감면제도에 관해 병원을 도& 8228;수매업과 같이 현금수입업종으로 분류해 낮은 감면비율을 적용하는 것은 불합리하다며 의료업을 지식기반 중소기업으로 분류해 수도권은 10%, 수도권외는 15%의 감면율을 반영해 줄 것을 주문했다. 전공의 수련비용에 대해 연구& 8228;인력개발비로 인정해 연구& 8228;인력개발 관련 기존 세액공제와 해당 준비금제도의 혜택을 부여하는(조세제한특례법상) 1안과 2안으로 수련비용 50%에 대한 세액공제 제도를 신설할 것을 제안했다. 병원협회는 또 첨단의료기기 도입관련 대학병원, 공공의료기관과 동등하게 관세를 50% 감면해줄 것과, 의료법인이 종합의료정보시스템 구축을 위해 지출한 비용을 고유목적사업 투입 금액으로 인정(법인세법 시행규칙 개정) 해줄 것을 건의했다.